خراسان جنوبی شامل محدودهای از خراسان بزرگ است که در سدههای پیش قهستان نامیده میشدهاست. شهرهای مهم ایالت قهستان، تون (فردوس امروزی) و قائن بودهاند. مارکوپولو نیز در سفرنامه خود، از این منطقه با نام تونوکاین (تون و قاین) یاد کردهاست.[۲]
در سدههای اخیر و به ویژه از دوران قاجار، دو شهر فردوس و قائن به دلیل حوادث طبیعی مختلف به تدریج موقعیت جمعیتی خود را از دست داده و بیرجند مرکزیت و اهمیت بیشتری یافت.
تشکیل استان خراسان جنوبی به مرکزیت بیرجند از سال ۱۳۴۲ مطرح بودهاست و در سال ۱۳۸۳ و پس از سالها کشمکش سیاسی این استان تأسیس شد. مرکز این استان جدید شهر بیرجند تعیین گردید. در زمان تأسیس این استان شامل سه شهرستان بیرجند، نهبندان و سربیشه بود. قاین در ابتدای تأسیس استان حاضر به پیوستن به خراسان جنوبی نشد و در محدوده خراسان رضوی باقی ماند.
در سال ۱۳۸۳ و پس از تقسیم استان خراسان مباحثی در مورد الحاق قاین به خراسان جنوبی مطرح گردید و در نهایت در اواخر همان سال ۸۳ شهرستان قاین به استان خراسان جنوبی الحاق گردید.